Клінічними базами кафедри є інфекційне відділення КНП «Тернопільська міська комунальна лікарня швидкої допомоги» (30 ліжок) і Тернопільський обласний шкірно-венерологічний диспансер,  кабінет інфекційних захворювань КНП «Центр первинної медико-санітарної допомоги» Тернопільської міської ради, ДУ «Тернопільський обласний центр контролю та профілактики хвороб МОЗ України», кабінет щеплень Тернопільської міської дитячої поліклініки, КУТОР "Центр профілактики і боротьби зі СНІДом". 

Щорічно завідувач і працівники кафедри в плановому та ургентному порядку консультують пацієнтів в інфекційному відділенні та відділеннях інших  лікувальних закладах міста та області (понад 2000 консультацій).